1982年10月，铁道部批准征地11亩筹建口腔临床教学实习基地。

1983年07月，铁道部教育局正式批复同意成立上海铁道医学院口腔医学专业筹备组；同年9月成立口腔医学专业筹备小组。

1984年10月，国家教育部批复同意筹建口腔医学专业。

1985年04月，教育部批准同意上海铁道医学院增设口腔医学专业；同年6月，口腔医学系正式成立，当年向全国招收全日制、五年学制本科生31名。

1986年06月，口腔教学实验辅助楼动工。

1987年12月，上海市卫生局批准成立口腔医学临床教学基地“甘泉医院口腔门诊部”。

1988年06月，上海铁道医学院附属甘泉医院口腔门诊部正式开诊。

1991年08月，上海铁道医学院口腔系87年级学生参加华东六省一市8所高等医学院校口腔修复学联考，获总分第一名。

1992年08月，与东日本学园大学签署教育、学术交流意向书。

1993年10月，面积5991平方米的口腔教学实验楼结构封顶。

1994年06月，与日本九州齿科大学缔结为友好姐妹学校；同年儿童口腔医学专业经上海市专家评审，被列为上海市医学领先专业（B 类）项目。

1995年，铁道医学院与铁道学院合并成立上海铁道大学，同年成立上海铁道大学附属口腔医院。

1996年，成立上海铁道大学口腔医学院，并成立口腔医学研究所和儿童口腔医学研究所，同年，成为口腔临床医学硕士学位授予单位。

2000年，并入同济大学，更名为同济大学口腔医学院、同济大学口腔医学研究所和儿童口腔医学研究所。经上海市卫生局核准成立同济大学附属口腔医院；儿童口腔科被评为上海市医学领先专业重点学科。同年11月，主办第二届亚洲小儿齿科学术大会，石四箴教授当选为第二届亚洲小儿齿科会长。

2001年，荣获国家级教学成果奖一等奖（六校合作）。

2002年，与同济大学材料学院、生命学院联合招收博士；成为口腔医师执业资格考试基地。

2003年，成为口腔基础医学硕士学位和口腔医学硕士专业学位授予单位。

2004年，实现国家自然科学基金面上项目零的突破；举办国际口腔颌面外科暨第四届 《口腔颌面外科杂志》 编委会；举办全国口腔种植义齿修复研讨会，来自德国、日本、泰国、香港及中国大陆的近百余名口腔种植专家参会；与纽约种植中心签订合作协议，在技术合作、学术交流方面建立长期的合作伙伴关系。

2005年，经国务院学位委员会批准成为口腔临床医学博士学位授予单位，以及口腔医学一级学科硕士学位授予单位；获上海市教学成果奖一等奖、上海市教育科学研究优秀成果奖二等奖；同年7月，全面启动学院、医院整体改建工程。

2006年，圆满完成同济大学教学评估工作，评估结果在全校名列前茅，受到大学表彰；口腔医院获上海市三级专科医院群众满意度测评第一名；举行院级重点学科及重点培育学科公开评选；编写完成《同济大学口腔医学院规章制度及办公流程汇编》一书，规范各部门工作；与井冈山大学医学院口腔医学系及附属医院口腔中心开展对口支援，并签订合作协议。

2007年，院整体改建工程竣工，新增口腔综合科、老年及残障人口腔科；成功举办华东（含部分西南、东北地区）口腔医学院（系）教学研讨会、院整体改建工程竣工仪式、口腔医学院校友会成立庆典大会；接受教育部本科教学评估检查及市卫生局医院管理年检查，获得专家组高度评价。

2008年，获上海市科技进步奖二等奖； 调整口腔医学课程设置、学时分布，使本科生课程、学时安排更加科学化、合理化；与东京医科齿科大学齿学部签约为姊妹学校；开展院训、院徽、院歌征集活动，进一步增强全院凝聚力，构建和谐学院文化。

2009年，经国务院学位委员会批准成为口腔医学博士专业学位研究生培养单位，在教育部一级学科评估中排名全国第六，学科排名首次进入前十位；被批准为国家民政部李嘉诚慈善基金会联合赞助的“重生行动”项目上海市唯一承办医疗单位，为贫困地区的唇腭裂患儿进行免费治疗；院青年志愿者服务队积极开展“关爱自闭症患儿”志愿活动；获上海市教学成果奖二等奖。

2010年，经国务院学位委员会批准成为国家口腔医学一级学科博士学位授予单位；获上海市优秀学科带头人计划项目；成立同济大学口腔转化医学中心；完成病房改扩建工程，完善麻醉科、检验科等医疗辅助科室；成为上海市住院医师规范化培训基地；主办“口腔种植专题研讨会”以及“重生行动第二期全国唇腭裂语音康复训练培训班”，进一步扩大学院影响力。

2011年， 口腔修复学科被评为国家临床重点专科；迎接卫生部“医疗质量万里行”督导专家组检查，在医院及医疗管理等方面得到了专家和卫生部医政司领导的肯定；启动实施 “口腔医学卓越人才培养计划”，开展口腔医学院“教学质量工程”建设；举办首届“同济大学口腔医学院未来卓越口腔医师暑期夏令营”，进一步加强与国内外兄弟院校间的交流沟通。

2012年， 被批准成为国家口腔医学一级学科博士后流动站；制定医院信息化全面建设方案并启动实施，进一步规范医院管理，保障医疗服务的顺利开展；制订《同济大学口腔医学院章程》，对已有各项规章制度进行汇总、补充和修订，进一步推进规范化、科学化管理。

2013年，顺利通过2013年教育部本科教学审核评估；口腔正畸学科获得国家临床重点专科项目；成立口腔全科门诊，进一步整合各项资源，为患者提供优质、便捷的医疗服务；组织举办《口腔颌面外科杂志》第六届编委会；先后与台湾中山大学口腔医学院、英国谢菲尔德大学口腔医学院签订合作协议；被评选为同济大学“我最喜爱的企业”；荣获第一届全国大学生微公益大赛优秀团队奖(全国百强)。